Podle archeologických nálezů doloženo u obce neolitické osídlení před 6 tisíci lety (šest kamenných sekyrek), osídlení 1000–500 před našim letopočtem (keramické střepy, pravěký hrob). Ojedinělé střepy ze střední doby hradištní dokládají osídlení v devátém až desátém století. První písemná zmínka o vesnici pochází z roku 1327. Na přelomu dvanáctého a třináctého století vzniklo raně středověké hradiště, na jehož místě byla ve čtrnáctém století postavena štěnovická tvrz. Ta zůstala panským sídlem až do počátku šestnáctého století, kdy byla za Štěnovských z Kadova opuštěna. Nové panské sídlo bylo postaveno za Arnošta Bernklaua ze Schönreuthu, plzeňského krajského hejtmana, před rokem 1564. Pravděpodobně „v okolí staré panské sýpky“ za vsí, dnes farní dům s kostelem svatého Prokopa.

Na starší vznik fary odkazují nejen nálezy keramických střepů z posledních let, placení daně ze 3 komínů Adamem Hennigarem roku 1603, ale především popis patrové budovy z roku 1620. Zámeček ve Štěnovicích se nacházel mezi kopci na břehu malého rybníka, při jehož jedné straně byly domy poddaných a uprostřed velký dvůr (Pietro della Madre di Dio). Dne 11. října 1620, na který připadala neděle, nalezl bosý karmelitán Dominik à Jesu Maria při tažení ligistického vojska pod vedením bavorského vévody Maxmiliána proti českým stavům ve zpustošené kapli zdejší tvrze („palazzetto“ či „casale“), kterou měl v držení rytířský rod Hennigarů ze Seebergu, zohavený obraz Adorace Narozeného Krista.Obraz vzal Dominik sebou a povzbuzoval jím katolické vojáky před bitvou bitvě na Bílé hoře. Později, uctívaný již jako zázračný obraz Panny Marie Vítězné jej vzal sebou do Říma, kde byl vystaven v římském kostele Santa Maria della Vittoria. Barokní kopie obrazu se nachází v kostele kostele Panny Marie Vítězné v Praze, také v poutním kostele Panny Marie Vítězné na Bílé hoře, nebo v děkanském kostele svatého Prokopa ve Strakonicích. Farní dům s vestavěným kostelem (někdejší klášter Trinitářů) je zapsán v seznamu kulturních památek.

V obci žila do druhé světové války židovská komunita s vlastní synagogou a hřbitovem. Synagoga byla v sedmdesátých letech dvacátého století zbourána.