Archeologické nálezy dokládají osídlení na území dnešního Chotětova již před 3000 let. Místo bylo osídleno zřejmě kvůli úrodné půdě a studánce sv. Prokopa, která poskytovala dobrou vodu. První písemná zmínka o obci pochází z roku 1057 v zakládací listině litoměřické kapituly, na jejímž základě se obec stala majetkem kapituly. Brzy se však stává součástí královské koruny a její obyvatelé byli tudíž svobodní. Farní kostel sv. Prokopa je poprvé připomínán v roce 1352. Během husitské doby byl kališnický, později zanikl a obnoven byl na sklonku 17. století. Škola byla v obci od roku 1384. Pro další rozvoj obce mělo velký význam zprovoznění železniční trati z Prahy přes Mladou Boleslav do Bakova nad Jizerou v roce 1865, pro kterou bylo v Chotětově zřízeno nádraží. Jedná se o železniční trať 070 Praha-Turnov.
Do obce náleží vsi Chotětov a Hřivno.
Od 12. dubna 2007 byl obci vrácen status městyse.